Az Egyesület elsődleges célja olyan szakmai közösség kialakítása, amely elkötelezett az állatorvosi bőrgyógyászat legkorszerűbb tudományos ismereteinek hazai meghonosítása és művelése iránt. Fontosnak tartja a szakmai ismeretek folyamatos átadását az állatorvosok és rajtuk keresztül az állattartók részére.
A MBÁE a nemzetközi állatorvosi társszervezetekkel, elsősorban az Európai Állatorvosi Bőrgyógyászati Társasággal (European Society of Veterinary Dermatology, ESVD) és Bőrgyógyász Állatorvosok Világszervezetével (World Association of Veterinary Dermatology, WAVD) folyamatos szakmai kapcsolatot tart.
Az Egyesület célja legkésőbb két éven belül (2018. március 1-ig) kidolgozni a rendes tagsághoz szükséges vizsga feltételrendszerét, valamint a Bőrgyógyász Szakállatorvos/Specialista hazai állatorvosi specializációs minősítési és követelményrendszerét. Mind a egyesületi tagsági vizsga, mind a bőrgyógyász specialista vizsgarendszer kidolgozását az Európai Állatorvosi Bőrgyógyászati Társasággal (ESVD) valamint a Magyar Állatorvosi Kamarával és a Magyar Kisállatgyógyász Állatorvosok Egyesületével együttműködésével fogja végezni.